Pada tingkat SMP siswa di berikan mentoring agar mengenal dirinya, mengenal konsep kemandirian, bagaimana mengelola project dengan scrum. Tahap sekolah menengah awal ini difokuskan menggali project apa yang akan dilakukan. Lebih banyak kegiatan mentoring untuk membangun kesadaran diri siswa.
Sedangkan kurikulum Flexi School pada fase ini adalah agar siswa mempunyai tujuan untuk mampu meningkatkan aspek cerdas dan spiritual dengan item pencapaian kompetensi sebagai berikut:
Kelas 7
Mandiri Belajar
Overview Pend. Aqil Baligh
Pengenalan Diri
Tujuan Hidup
Logika berfikir
EduAgility with Scrum
Komunikasi efektif
Aqidah dan Akhlak
Magang
Project Mandiri
Kelas 8
Problem Solving
Norma dan Aturan
Emphaty
Design Thinking
Kolaborasi
Akhlak dan Ibadah
Creativity
Pengenalan Organisasi
Akhlak dan Ibadah
Magang
Project Mandiri
Traveling Lokal
Kelas 9
Literatur
Fun Research
Public Speaking
National Exam Preparation
Innovation
Organization
Leadership
Entrepreneur
Aqidah, Ibadah dan Akhlak
Traveling Mancanegara
Kompetensi tersebut dicapai dengan kolaborasi antara materi akademik yang dibalut dengan Edu Agility sehingga menstimulus kemampuan siswa untuk lincah dan cekatan dalam menyelesaikan masalah sehingga tercapai pribadi yang cerdas dan spiritual.